1946年3月，张治中再次被蒋介石任命为西北行营主任，兼新疆省主席。4月初他到迪化后，首先对我党被捕同志立即采取改善伙食、准许在狱中自由行动、每日供应报纸并代购书刊、准许配偶会见等举措。接着又先后三次给蒋介石去电，恳切陈词，要求按“双十协定”释放这批中共人员，得到蒋介石勉强同意后，他即派人向狱中我党同志宣布即将释放他们，并设法打消他们的疑虑。
张治中还特意邀请狱中代表杨之华等6人吃饭，并秘密和他们谈话说：“你们不要多心，释放并护送你们到延安是真心的，这不但是毛泽东主席在重庆时提出的要求，也是周恩来先生谆谆嘱托。周恩来先生从大革命时起就和我是好朋友，我从重庆到新疆前，他们夫妇亲自到我家再三嘱托。你们一出狱就走，不能停留，更不能见报，否则有危险。”张治中还将护送之事慎重交给时任新疆警备总司令陶峙岳，陶又把这个重任交给其亲信即该部交通处少将处长刘亚哲具体执行。为此，刘即拟定周密的护送计划，对所需车辆、药品、医生、警卫、事务人员，以及动身时间和沿途路线都作了妥善具体安排。临行前，张治中还特别召见刘亚哲并作仔细交代。他们出发前张治中又给甘肃、陕西等省国民党的有关军政负责人发去电报，强调释放这批中共人员，是经蒋介石同意的，由新疆行营派人负责护送回延安，请沿途放行并妥善接待。同时，张治中也把此事的简要情况和动身日期电告周恩来。这批被释放的我党同志动身前，张治中还派屈武代表他和这批同志见面、送行，祝福他们一路平安。
6月6日，这批同志从迪化出发，131人中包括马明方、张子意、方志纯、高登榜、杨之华等我党重要干部在内，分乘六部大汽车，另有两部是武装护送人员和工作人员所乘。一路上，刘亚哲不负重托，认真负责，遇到问题临机处置或及时向张治中请示报告，求得解决。途中连续走了一个多月，终于在7月8日安全到达陕甘宁边区。中共中央、边区政府和中共西北局都派人前来热情迎接，刘亚哲即向来人办理全部交接手续。周恩来随即与张治中取得联系，对其鼎力相助深表感激，说：“这是文白先生所做的一件大好事，在国共关系史上是空前的，绝无仅有的。”在周恩来身边工作的童小鹏也对张治中此举给予高度评价说：“这时蒋介石已发动全面内战，这些同志如果不及早护送回延安，后果将不堪设想。”
和平建国 再立新功
1949年4月1日，国民党派出以张治中为团长的代表团到北平，与周恩来为首的中共代表团进行和谈。至此，两位久违的老朋友又见面了，这也是在新的历史条件下戏剧性的巧合。双方经过反复友好磋商，终于达成全面协议，但国民党南京政府拒绝在协议上签字，和谈宣告破裂。4月21日，人民解放军百万雄师横渡长江，并于23日解放南京。当天，周恩来来到国民党和谈代表团住地，看望张治中并与他恳切交谈。期间，经过毛泽东、周恩来等人多次耐心和诚恳的劝说，张治中及代表团成员终于决定继续留在北平，并与中国共产党人合作共事。
1949年9月，祖国大陆除新疆、西藏、海南、福建的厦门、金门、东山以及台湾等少数地区外，已大部解放。
为了祖国统一大业，彭德怀奉命率领大军乘胜向新疆方向进发。在这重要时刻，毛泽东邀请张治中前去商议国家大事。
